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從遙遠的天空上，鏡頭不斷地拉近，一隻紅色的野獸和牠的兩名孩子奔馳在荒野上。之後那隻動物與牠的孩子爬到了山峰頂上，向著遠方的人類城市廢墟眺望。海鷗從空中飛向那座佈滿綠草的『地標』。納納奇(赤獸XIII，RedXIII)仰天大吼，意思就是在說：「星球仍舊活著，就像我和我的孩子們！」
４９８年前
北方的大空洞(The Northern Cave)。一架屬於神羅的直昇機，正載著特克斯(Turks)成員飛過上方，尋找著那個被認為在這裡的『物品』。此時，特克斯發出了警戒，像是那裡有什麼危險的狀況。
「怎麼……」
「注意，那是……」
機槍開始不斷地掃射，伊莉納(Elena)此時提醒了大家。
伊莉納：「前輩，小心……啊！」
一切又歸於寂靜……
瑪琳：「生命之河(Life Stream)，那是圍繞在星球的生命之流，星球上所有的生命之
源。神羅公司(Shin-Ra Company)曾經使用生命之河當作主要的能源(魔光能源)。也因此，我們的生活變得很好。但是有些人認為從星球吸取生命之河將造成星球的壽命不斷地減少。這些人積極地反抗神羅，導致神羅進行嚴厲地鎮壓。神羅公司因此而創造了『精銳戰士(Soldier)』，一群植入了在遠古時代，從天空降臨的災厄『傑諾芭(Jenova)』細胞的人。」
瑪琳：「其中，最優秀的精銳戰士就是－『賽飛羅斯(Sephiroth)』。不久，他發現了一切的真相，並開始憎恨神羅、厭惡一切。被仇恨遮蔽的賽飛羅斯，決定要破壞這一切，大家也因此被捲入了一場血淋淋的大戰。我們最關心的一個人，也因此而回歸到了生命之河中。」
瑪琳：「星球為了阻止這個敵人，開始使用生命之河以及『傳說巨獸』(Weapon)來對抗。噴出地表的生命之河，將所有的爭鬥、野心、憎恨和悲傷全部吞入。他們告訴我，就因為悲傷，才使得星球得以活下來。但是，我感覺到星球，一直、一直在憤怒著。」
鄰近米卡爾(Midgar)的一座城市－邊緣城(Edge)，人們開始了一天的作息。熙來攘往的路人、繁重的交通……在城市的巷道旁，有無數的孩子坐在哪裡哭泣、痛苦著，因為一種奇怪的病：星痕症侯群(Geostigma)。
瑪琳在蒂法(Tifa)的酒吧2樓裡，坐在殿杰爾 (Denzel)的旁邊禱告著。
瑪琳：「拜託，無論如何不要從我身邊帶走他……」
殿杰爾隨後又詢問著瑪琳他的症狀，然後說著……
殿杰爾：「克勞德(Cloud)……你在哪裡？」
同一時刻，在一樓酒吧櫃檯洗盤子的蒂法，聽到了電話的響起。
蒂法：「他(克勞德)已經不在這裡了……」
電話鈴聲持續響著，蒂法便放下手邊的工作，去接聽電話。
在電話的旁邊放著一張照片，裡面的人是克勞德、蒂法、瑪琳和殿杰爾。接起電話的蒂法疲累地回答著：
蒂法：「史特萊夫快遞服務，最佳的……呃……是……我當然還記得你……」
打電話的人正是特克斯的成員之一：雷諾(Reno)。他詢問蒂法克勞德在哪裡。蒂法立刻打電話給克勞德。此時克勞德人在米卡爾附近的荒原上，拿起手機，聆聽蒂法的留言。
蒂法：「在席琳(Healin)的雷諾打電話找你。有工作要委託你……克勞德，你還好嗎？」
聲音：「以上為語音留言。」
收聽完後他便準備發動機車芬里爾(Fenrir)的引擎。突然，一股感覺竄流在他的左手臂，閃過了賽飛羅斯在火燄中以及子彈高速射擊的畫面。無庸置疑，克勞德也感染了星痕症候群。
一頭狼處在一座峰頂上，那是札克斯(Zacks)死去的地方。他的劍被克勞德立在那邊，當作墓碑來掉念他的好友。但是有人暴力地破壞這個神聖的地方，那正是三個穿著黑皮革製衣服以及留著一頭銀髮的人所做的。他們之中的領導者察覺到克勞德騎著摩托車經過了山峰下方，便說了：
「看，是哥哥。」
「你認為母親在那裡嗎？」
「我相信是他從我們這邊把她藏了起來。」
洛茲(Loz)開始哭了起來。
「不要哭，洛茲。」
接著洛茲跟亞茲(Yazoo)便開始追擊克勞德。兩人騎著車，靠近了克勞德。
洛茲：「母親在哪裡？」
亞茲：「這麼說，你把母親藏起來囉，哥哥。」
洛茲和亞茲召喚出了由一團黑雲所組成的怪物－闇影魔獸(Shadow Creeper)追擊克勞德，而克勞德則加速甩開他們。正在想著甩開了他們的克勞德，星痕症候群卻又開始發作，影響了他的身體跟心智。另一個人站在山崖上，看著這一切，並拿起手機說話 。
卡達裘(Kadaj)：「難道你在欺騙我嗎？果然，『母親』在那裡吧？……哈哈，口氣不要那麼衝嘛。 」
卡達裘命令洛茲跟亞茲兩人停止追擊，闇影魔獸也隨之消失。看著遠去的克勞德，卡達裘露出不悅的表情。克勞德煞了車以後，便思考著那些人到底是誰，還有擔心他的症狀。
克勞德最後抵達了席琳小屋(Healing Lodge)，雷諾立刻用他的歡迎方式來迎接他。沒興趣戰鬥的克勞德立刻進屋，並把門鎖了起來。當他在鎖門時，路德(Rude)出來歡迎他來見他的主人，但克勞德卻舉起刀指著他的喉嚨。見狀況不對的路德立刻安撫克勞德的情緒，然後帶路去見他那位披著白衣、坐在輪椅上的主人。
克勞德：「魯法斯˙神羅(Rufus Shin-Ra)……？」
魯法斯：「就如同我所期待的前精銳戰士，你一點都沒有退步。」
魯法斯稱讚著克勞德的技術(指跟雷諾的戰鬥吧)。接著他開始敘述他在遭到鑽石巨獸(Diamond Weapon)攻擊後的情況。克勞德對此並沒有興趣，便想轉身離開。魯法斯請他等一下，並邀請他接受一項工作。
魯法斯：「這個星球因為我們公司而變成現在這個樣子。我們想要對此做一個賠償，於是我們開始調查賽飛羅斯死後對這星球所殘存的影響。猜猜看我們發現了什麼？」
克勞德開始擔心了起來。
魯法斯：「沒有，什麼都沒有，你不用擔心。然而，卻發生了意想不到的狀況在阻擾我們。就是在路上襲擊你，以卡達裘為首的一行人。」
克勞德：「卡達裘？」
魯法斯：「卡達裘一行人非常兇猛。雖然目前他們沒有什麼威脅，但是遲早也會變得很危險。我們不清楚他們的目的，不過他們似乎想阻止我們復原這個星球。我們為此做了一個結論，需要雇用一名有力的保鑣。」
克勞德：「我現在只是個送貨的而已。沒興趣。」
說完克勞德便想轉身離開，但是他又回頭詢問魯法斯。
克勞德：「……他們的『母親』是什麼？」
魯法斯：「喔，這個世界有太多的孩子在尋找他們的母親。」
聽魯法斯的口氣，他似乎在隱瞞著什麼事情……
魯法斯：「我聽說你跟孤兒住在一起，難道你不想在看到他們再展笑容嗎？我們的目的是要重建這個世界，精銳戰士－克勞德。」
克勞德：「只是自稱……」
克勞德轉頭就離開了這個地方。雷諾在這段對談的時間則一直被鎖在門外……
接著換到了下一幕，同樣的場景，雷諾與路德卻倒在地上。而魯法斯則被卡達裘他們包圍著
卡達裘：「我討厭謊言……」
魯法斯：「那我告訴你事實吧。那個『東西』從大空洞運過來的路程上遺失了。」
卡達裘：「有人把母親給藏了起來，那嚴重干擾了我們的計畫。邀請信已經寄出去了，現在就等我們的主人出現了。」
魯法斯：「邀請？」
卡達裘：「是的……星痕症候群。這多虧『母親』的遺傳基因在生命之河努力的成果。然而……我們卻連『母親』位於何處都不知道……我們需要她的力量來完成『再統合(Reunion)』。無論如何……都需要。現在，你剛剛說的是真的嗎？你準備好要為這兩人發誓了嗎？」
卡達裘往桌上丟了兩張ＩＤ卡，那是卓恩(Tseng)跟伊莉納的。
魯法斯：「你要那個東西來完成什麼？」
卡達裘：「你不能得到『它』嗎？你啊，跟一般人怎麼都不了解？我們是殘存者，很自然的我們都想要在一起。」
卡達裘說著，就跪在魯法斯的前面，接著一股奇怪的能量從他身上發出，讓魯法斯感到渾身不對勁。當星痕症候群對他那股能量產升反應時，卡達裘的外表開始起了變化，那樣子就像是昔日那個人……
在已成廢墟的教堂，瑪琳問著蒂法：
瑪琳：「克勞德住在這裡嗎？」
蒂法：「嗯……看起來是……」
接著，瑪琳便發現了地板上的繃帶，察覺到克勞德也生病了，而蒂法也同意她的說法。
瑪琳：「這個跟殿杰爾是一樣的。克勞德也生病了嗎？」
蒂法：「(克勞德)……你選擇不告訴我一切嗎？」
瑪琳：「就因為他生病了……所以才選擇離開我們的嗎？」
蒂法：「他打算獨自一個人戰鬥…… 」
瑪琳：「戰鬥……？」
蒂法：「不，我認為他已經不想戰鬥了……」
瑪琳：「那這個又是什麼？」
瑪琳指著地上另一個長方形盒子。
蒂法：「不用在意。」
瑪琳：「他是因為生病所以才離開的嗎？但是我們可以帶他回家，對不對？」
蒂法：「嗯，我們可以。」
瑪琳：「如果他要回來的話，我們要給他一個好的交代。」
蒂法：「嗯！」
蒂法笑著說。
瑪琳聽到了腳步聲，以為克勞德回來了，但卻不是。洛茲用力地弄開大門，朝著他們走過來。
洛茲：「母親在哪裡？」
蒂法：「這裡沒有這個人！」
洛茲：「那麼，想要玩玩嗎？」
看到洛茲的動作，蒂法也知道對方不懷好意，便戴上手套應戰。初期蒂法佔了上風，她狠狠地痛打了洛茲一頓，讓他躺在地上。此時，突然響起了三次鈴聲，原來是洛茲的手機，而他立刻起身接電話。
洛茲：「知道了，我會把她帶來。」
蒂法知道戰鬥還沒結束，便決定繼續攻擊。洛茲卻用之前沒用的超高速移動到蒂法邊，然後用他的拳扣－雙獵犬狠狠地朝她身上打了好幾拳。接著他便要將蒂法的生命結束掉。看到這個狀況，瑪琳便拿起之前地上的長方形盒子裡的東西往洛茲身上丟。那個東西便是密石(Materia)。洛茲見狀，便轉身朝著瑪琳的方向過去。看見洛茲接近，瑪琳哭著大喊……
瑪琳：「克勞德！」
同一時刻，亞茲在邊緣城街上告訴孩子們，只要跟著他，他就可以治療他們的病。無助的孩子們立刻答應，坐上了卡車前往遺忘之都(Forgotten City)。
克勞德回到了米卡爾附近的山峰頂上，撿起札克斯的劍，重新立在那邊。他回想起了一些過去的事情……
札克斯：「當我門到達米卡爾的時候，你想做什麼，克勞德？我們是朋友……對吧？」
札克斯：「克勞德，快跑！」
接著札克斯中彈……克勞德則因頭痛而顫抖著……回想起過去的事情，克勞德看著札克斯的劍，說著：
克勞德：「我原本想連你的份也一起活下去，但是……說的可真簡單啊……」
接著克勞德的手機傳來了巴雷特(Barrett)的訊息。，他正開著卡車在森林裡的某個地方。他告訴克勞德他發現了一些油源，似乎可以用來取代魔光(Mako)。
克勞德接著便回到了教堂，卻看到蒂法躺在地上，他立刻過去抱住蒂法。
克勞德：「蒂法？蒂法！」
蒂法：「太遲了……」
克勞德：「是誰做的？」
蒂法：「他沒說……瑪琳？！」
環顧四周，瑪琳已不在此，克勞德不禁感到憤怒。
克勞德：「可惡！」
星痕症候群卻又開始發作，令克勞德苦不堪言，似乎比之前更嚴重了。
接著，一道光灑了下來，照在他們兩人身上。像是有一雙眼睛在看著這一切，『某人』接近並看著這場景，當『她』越靠近，光變得越來越亮。克勞德被這明亮的、純淨的白光所包圍，最後發現到自己位在一座花壇，那裡的花似乎永不炸銦A黃白相間，看不見底。這裡是約定之地(The Promised Land)。他站了起來，瞥見一位賣花女。此時一個聲音讓克勞德回到了現實。
克勞德位在蒂法的房間裡，而蒂法就躺在他旁邊。雷諾跟路德兩人走了進來。
雷諾：「你真的很重！我們把你們從那裡載到這邊。」
蒂法不久就醒來。兩人開始擔心孩子們的下落。他們告訴克勞德他們有所發現，銀髮三人跟孩子們都在遺忘之都，那是他們的基地。蒂法注意到克勞德的樣子，便立刻暸解一些事。
蒂法：「你得到星痕症候群了，對不對？就這樣死去也好……你是這麼想的嗎？」
克勞德：「……這是沒辦法治療的……」
蒂法：「但是，殿杰爾也很努力的奮鬥啊！不要再逃避了。大家一起努力，互相幫助
吧！」
克勞德：「……」
蒂法：「還是因為……我們不是一個真正的家庭？」
蒂法的語氣充滿了哀傷。特克斯見狀況不對，卻也無法插手，便想趕快離開。
蒂法：「為什麼我們不互相幫助？我們能一起處理事情，幫助其他人。就像我和你的同伴們一樣，只要你有需要，我們都會一直支持你！」
克勞德：「我不認為我能幫助任何人。朋友、家人……都一樣。」
蒂法：「抱怨、抱怨……你就只會一直抱怨！」
話講完沒多久，就突然聽到像是艾莉絲(Aerith)的聲音。克勞德轉過頭看向蒂法。儘管他什麼都沒說，但他顯然也知道了。然後克勞德轉身對著特克斯說：
克勞德：「我要跟你們的總裁說話。你們兩人去他們的基地救孩子。」
蒂法對克勞德的言詞感到驚訝，但是也立刻明白他心裡在想什麼。
蒂法：「我了解你的感受，即使找到了那些孩子，我們或酗]無能為力，這說不定又將成為另一件無法挽回的憾事，你正是害怕這個吧！」
雷諾也立刻附和著蒂法：
雷諾：「我不需用接受你的命令。你自己去找他們。」
克勞德於是騎著芬里爾穿過有著銀色樹幹的森林，朝向遺忘之都。不安跟自責充滿在他的靈魂裡。此時，他發現他已經沒有騎著機車，而是在度被光給包圍。陽光與花海，約定之地。一個無止盡的花壇。克勞德與某人背對站立著。他知道她，而她也同樣的認識他。為了世界而犧牲自己性命的人－艾莉絲˙趙鬙牯?Aerith Gainsborough)。
一個畫面閃過。白魔法密石沉入了遺忘之都的湖中。
艾莉絲背對著克勞德說話：
艾莉絲：「我明白，你一定花費釵h的力氣才來到這裡。這是個好的開始。」
然後，她用純潔的口氣詢問著：
艾莉絲：「我問你，你為何來此………？」
克勞德：「我想要請求寬恕……嗯，請赦免我。」
艾莉絲(微微地笑著)：「誰？」
克勞德想轉身看她，就在這麼做時，她和約定之地便消失了。回到現實，只看到一片森林。
在遺忘之都，廢棄的建築物前，卡達裘站在湖的另一邊，洛茲跟亞茲在他身旁。瑪琳也在此。其他的孩童則在湖的對面，聆聽著卡達裘的演講。
卡達裘：「我從『母親』那裡得到了特別的力量。那個是使人們的痛苦減輕，以及與這個星球而戰的力量。事實上，大家都有這種力量。但是，星球在阻撓大家，讓我們停止了成長。因此也讓你們的身體和心靈痛苦！這一切都是因為星球！但是我將治好你們……所以我們一起對抗這個腐敗的世界吧！然後一起走向『母親』的所在地！集結家族的力量，進而對星球報復！」
一股能量環繞在卡達裘身上，他的樣貌又再度變成『那一個人』。接著他走進了湖裡。黑色的液體從他身上留出，污染了湖水。卡達裘喝了一口，然後便邀請所有的孩子們一起這樣做。孩子們毫不考慮地喝下去。但是，就在喝完之後，他們的眼神卻變得像卡達裘跟其他兩人一樣。他們的意志被某人控制了。接著卡達裘他們看著從克勞德那邊偷來的密石盒子，其中一人拿起了密石並裝上去。
已經快到達目的地的克勞德，卻被卡達裘察覺到，他便命令孩子們擋在路上。亞茲和洛茲用槍和密石的魔法攻擊克勞德，而克勞德也立刻打開芬里爾兩旁的武器收納庫，拿起劍來應戰。快到路的終點時，他看到孩子在路的中央，便緊急煞車，但是車子卻翻覆了，克勞德被摔出車外。在他要爬起來時，孩子們圍成了一圈，把他困在中間。
卡達裘：「你終於來了∼」
克勞德：「我是為了孩子們而來的。」
卡達裘對著孩子們說著：
卡達裘：「這個人……他是你們的兄弟。但是很遺憾的：他是一個叛徒！」
說完便用刀指著克勞德，要將他的喉嚨割斷。情急之下，瑪琳叫了一聲「克勞德！」，讓卡達裘分了心。趁這個時候，克勞德便從地上拿起刀揮向他，開啟了１ｖｓ３的局面。持續戰鬥一段時間後，克勞德也感到疲累，銀髮三人組佔了上風。突然來了一個人，以極快的速度將克勞德帶走，三人見狀立刻開槍攻擊，但也遭到對方的還擊，最後克勞德他們兩人消失在黑暗中。無庸置疑，救他的人就是韋聖特(Vincent)。韋聖特把他帶到一個隱密的地點，避免被攻擊。兩人便開始對談起來。
克勞德：「多謝你的幫忙。韋聖特……究竟發生了什麼事情？」
韋勝特：「星痕症候群……看起來像是體內的一種系統過度運作來消滅入侵的物質所造成的結果。賽飛羅斯的基因、傑諾芭的遺傳情報……隨便你怎麼稱呼。在我們的體內流著像生命之河的東西，正和這些侵入體內的邪惡物質戰鬥著。而這就造成了星痕症候群。」
克勞德：「這麼說他們在找尋的『母親』是……」
韋勝特：「天空的災難，星球的危機……傑諾芭(Jenova)。他們正要再開啟另一個『再統合』。在這樣下去，他們有可能創造第二個賽飛羅斯。但前提是他們需要傑諾芭的頭。」
克勞德：「那個東西現在在哪裡？」
韋勝特：「我一直尾隨著卡達裘他們。神羅從大空洞把頭帶了回來，但是卡達裘他們卻攻擊了卓恩跟伊莉納，用殘酷的方式拷打他們，逼他們交代頭的下落……我不知道他們兩人現在如何，不過頭卻不知道去哪裡了。」
克勞德：「那……卡達裘他？」
韋聖特：「他應該也不知道下落。」
瑪琳在此刻從灌木叢裡逃了出來，而克勞德和韋聖特兩人也轉了另一個話題。
克勞德：「韋聖特，你認為一個人可以被原諒嗎？」
韋聖特：「我沒有這種經驗。」
克勞德：「我會試試看……不論我做不做得到，我會告訴你結果的。」
於是克勞德希望韋聖特能保護瑪琳，平安地帶她回去，但是韋聖特拒絕，並說著：
韋聖特：「克勞德，這就是你戰鬥的意義嗎？」
克勞德希望瑪琳能夠避免被捲入這場征戰中，但是瑪琳卻很生氣地對著他說：
瑪琳：「夠了，克勞德！你為什麼不聽聽我們的感受呢？」
說完便躲到韋聖特的披風裡面。
回到之前的戰鬥，克勞德在激戰時，讓手機掉入了湖裡。從手機的語音紀錄上看見，有釵h過去的戰友試著聯絡他。巴雷特、尤菲(Yuffie)、里布(Reeve)……
最後手機沉入了湖底，停止了反應。朦朧的微光照耀著……
回到了邊緣城，亞茲和洛茲站在隕石紀念碑下。他們想要將紀念碑給拆毀，因為他們懷疑傑諾芭的頭在底下。人們對此感到憤怒。然而，兩人不慌不忙地召喚出闇影魔獸來攻擊。見怪物來襲，群眾立刻四散而逃。於是他們開始拆除紀念碑，但是卻毫無辦法。雷諾和路德此時也到達，並與他們發生激戰。但是很快地，兩人便遭到洛茲和亞茲瞼迭C
魯法斯和卡達裘位在高樓上，看著這一切。魯法斯詢問著卡達裘的目的。
卡達裘：「我們將要讓再統合發生。我們本來就是殘缺不全的，所以很自然地渴望在一起！死於星痕症候群的人將會使星球衰弱，然後當我們聚在一起時，母親將會照顧並且支配它(星球)！」
魯法斯：「那賽飛羅斯將為此而回來？」
卡達裘：「賽飛羅斯或是其他人……這一切都是由母親來決定！」
魯法斯：「你實在是有夠愚蠢！生和死是不變的存在，這是自然循環的一部分，也是星球的意志。我了解我們的行為所造成的錯誤。無論你造出多少個賽飛羅斯或是傑諾芭，我們都將拒絕生命的支配，然後遵循著自然的循環法則。」
卡達裘：「那麼……我們是否該對這一切做個結束？」
卡達裘拿出密石盒子，從中找出了招喚密石，裝入了他的左臂，然後朝天空放出魔法陣，召喚出龍王－巴哈姆特˙罪(Bahamut –Sin–)。
接著巴哈姆特便開始大肆破壞，多數人皆死於牠的攻擊之下，而那群被控制的孩子們仍舊留在紀念碑所在的廣場上。蒂法看到殿杰爾也在裡面，便衝過去叫醒他，讓他恢復原來的樣子。
巴雷特站上前，保護殿杰爾不被攻擊。尤菲從空中跳傘降落，看她的表情，似乎有暈機的樣子……但是她還是很鎮定地說著誰偷走她的密石。席德(Cid)揮動他的長矛，將闇影魔獸擊退，保護著蒂法跟殿杰爾。他的新飛空挺－雪菈號(The Sierra)則停留在上空中。赤獸XIII背著凱特˙席(Cait Sith)朝著巴哈姆特狠狠地攻擊。韋聖特隨後也來到。
殿杰爾：「他是誰？他們又是誰？」
蒂法：「他們都是我們的朋友。」
被卡達裘控制的巴哈姆特，朝著紀念碑攻擊。雷諾和路德見狀，被將在紀念碑附近的孩子們帶離開，免得遭受攻擊。巴哈姆特朝著被破壞的紀念碑看過去，底下似乎什麼東西都沒有。
最後，克勞德也趕到了。他在廣場抓著蒂法詢問。
克勞德：「瑪琳平安無事嗎？」
蒂法點點頭。
克勞德：「太好了……」
從他的言語之中透露，瑪琳的平安終於讓他可以放下心來了。蒂法也坐上芬里爾，朝著戰場前進。
看見他的到來，巴雷特又開始碎碎念：
巴雷特：「該是你上場的時候了，什麼事耽誤了這麼久？」
接著便是一場大對決。在持續的攻擊之下，巴哈姆特也不堪承受，便往天空飛去，準備發動『百萬烈焰』。克勞德見狀，便不斷地往上跳。而同伴們也立刻助他一臂之力。巴雷特、尤菲、赤獸XIII和凱特˙席、韋聖特以及蒂法，用他們的力量把克勞德往上推，加速他的速度。但是力量仍舊不足，還欠缺臨門一腳。
就在此刻，從克勞德的眼中看見了艾莉絲的手。她伸出手來拉著克勞德，將他更往上推。藍色的光環繞著他，克勞德帶著大刀往上攻擊巴哈姆特。
巴哈姆特使用強大的百萬烈焰。但是克勞德毫無畏懼，用他的刀將巴哈姆特打得七零八落。巴哈姆特遭到終結，便開始墜了下來。
地上也沒有閒著。亞茲和洛茲仍舊在跟雷諾與路德交戰，並戲弄著他們。卡達裘看到巴哈姆特被擊落，便轉身看著密石盒子。
卡達裘：「接下來要召喚什麼呢……」
魯法斯看著這一切，已經無法再忍受。他要阻止這個瘋狂的傢伙。他拿下白斗篷，底下藏著一個長方形的盒子。他大叫著：
魯法斯：「你瞭解了嗎？！『她』一直都在這裡……你說你自稱是誰的兒子？！」
那是卡達裘一直在找尋的東西－傑諾芭的頭，他大喊著：
卡達裘：「母親！」
魯法斯以極快的反應，將盒子拋向空中，讓這個東西摔在地上。憤怒的卡達裘朝著從窗戶跳下去的魯法斯發射魔法，並躍下去要抓住盒子。但魯法斯不放棄，使用他的獵槍攻擊，終於讓盒子流出了綠色的液體。卡達裘太遲了。而卓恩跟伊莉納(什麼時候冒出來了……)也發射網子，讓魯法斯平安地降下。亞茲和洛茲也趕快甩掉特克斯他們，騎上了機車，準備和卡達裘上高速公路。
從空中看到此景的克勞德，平安落地之後，便騎上芬里爾追擊他們。接著便是精采的機車追逐戰。亞茲跟洛茲勢著阻止克勞德的行動，而雷諾和路德也預料到亞茲跟洛茲的行動，便在隧道末端裝了炸彈等著他們。回復昔日力量的克勞德將亞茲和洛茲的武器給摧毀，並快速地離開，將最後交給特克斯的炸彈。克勞德追上了卡達裘的機車，而在克勞德的後頭，炸彈也應聲爆炸……
卡達裘來到了位在米卡爾的教堂，他小心翼翼地看著盒子的內部，但狀況卻是……
卡達裘：「母親……？母親……母親！啊啊啊啊啊啊∼∼！」
克勞德騎著芬里爾衝進了教堂，憤怒的卡達裘也朝著他攻擊，機車應聲翻覆。原想追上去的克勞德卻因為太過接近傑諾芭的頭，使星痕症候群又開始發作。他立刻拿下左臂的袖子，露出了被感染的手臂。而在手臂上也綁著一條粉紅色的緞帶，那是給最親愛的賣花女所做的紀念。無論如何，克勞德現在無法戰鬥，而他也丟失了卡達裘。
天空神奇地開始降下雨水，治療了克勞德那被星痕症候群感染的左臂。他舉起了雙手，立刻了解到這雨水的源頭。他要回到約定之地，繼續上次的對話。
克勞德：「但是我卻見死不救……」
克勞德這樣說著。
艾莉絲：「抱怨、抱怨……你就只會一直抱怨。若是我已經原諒你的話呢？你為什麼不試著原諒你自己？」
克勞德回到了教堂，他的身心已獲得了治療。艾莉絲接著告訴他：
艾莉絲：「走吧……克勞德。」
克勞德便開始繼續追擊卡達裘。逃走的卡達裘因為這場雨而讓他感到不適。他最後來到了神羅公司的原來位置，而克勞德也到達此地。克勞德問著他：
克勞德：「當再統合完成時，接下來會是什麼……？你不知道嗎？在這之後，你仍是個殘存者，你不可能不知道。」
卡達裘感到憤怒，說著：
卡達裘：「我只不過是個傀儡……但是你(以前)也是！」
他放出魔法攻擊克勞德，接下來又是一陣廝殺。克勞德的夥伴乘著飛空艇到來，看著他們的打鬥。伙伴們開始討論卡達裘的存在。
「卡達裘是個殘存者，他遲早會變成賽飛羅斯的，克勞德知道嗎？」
巴雷特：「應該吧。」
尤菲：「我帶了很多的密石給克勞德！」
說完便拿出這些密石出來。
蒂法：「如果這真的是賽飛羅斯，最好的方法就是讓克勞德獨自面對他。２年前的最後決戰，我們曾使用了特殊的力量。記得那是什麼感覺？那是像什麼？我相信克勞德記得那份感覺，這意味著他會變強的。」
巴雷特：「我只給他１０分鐘！」
巴雷特已經迫不及待要參予戰鬥了。
最後，克勞德終於將卡達裘的雙刃刀給打飛，他本人也掉了下去。千鈞一髮之際，克勞德抓住他，但是卡達裘卻放開他的手，緊緊地抱住他那盒子中的『母親』。卡達裘終於開始發生了變化，浮在空中。而克勞德也跳上去要抓住他，但是已經太遲了。他的外觀急速改變，銀色的短髮變長，體格也變成成年人的型態，手上拿著長刀－正宗，站在克勞德的眼前。
「好久不見了，克勞德。」
賽飛羅斯出現！那正是他的聲音！對此，克勞德並不感到驚訝。
克勞德：「你又要做什麼，賽飛羅斯？」
賽飛羅斯：「我用這星球做為我航向宇宙黑暗的船，然後我發現了另一個天堂，一個不是被人類污染的行星。」
克勞德：「所以你又要摧毀掉了，是不是？」
賽飛羅斯：「誰知道？哈哈哈∼」
接著雙方開始交戰。激鬥酗[之後，賽飛羅斯發現克勞德的身手，便問他：
賽飛羅斯：「你從哪裡獲得這種力量？」
克勞德：「我沒必要告訴你！」
戰鬥持續在高樓大廈裡進行著。賽飛羅斯飛在空中，對著克勞德說：
賽飛羅斯：「我有個禮物要送給你，克勞德。我該給你絕望嗎？」
賽飛羅斯讓建築物的岩石和殘骸朝著克勞德，但是克勞德不慌不忙的將這些都砍成兩半。最後兩人站在神羅大廈的頂端，賽飛羅斯又繼續說著：
賽飛羅斯：「什麼東西對你來說是最珍貴的，克勞德？我很享受從你身上奪取一切！」
賽飛羅斯將克勞德逼向角落。就在分心的一刻，他的刀刺中了克勞德的肩膀。克勞德此時閃過了釵h畫面，其中看到了艾莉絲在遺忘之都為星球禱告的畫面。克勞德將劍拔了出來，然後逼退賽飛羅斯，說著：
克勞德：「你仍然不了解嗎？賽飛羅斯，對我來說，沒有什麼東西不是珍貴的！」
克勞德用盡力量，使出超究武神霸斬，將賽飛羅斯砍成重傷。看著賽飛羅斯浮在空中，克勞德大叫著：
克勞德：「滾回到我的記憶裡面去！」
賽飛羅斯：「我不會……只是個記憶。」
克勞德：「我將會繼續在這生活著！」
賽飛羅斯終於消失，留下卡達裘從空中掉了下來，克勞德也接住了他。天空中又開始下著雨，就跟在教堂的雨一樣，雨水下在邊緣城，治療了受感染的孩子們。卡達裘碰到了雨水，開始融入了綠色的微粒(生命之河？)，一個女性接著跟他說：
「卡達裘，你可以讓你自己走了。」
那是艾莉絲的聲音，卡達裘虛弱地回答著：
卡達裘：「……母親？」
接著卡達裘便從克勞德的眼前完完全全地消失不見。
蒂法注意到雪菈號駕駛艙上的雨水，說著：
蒂法：「我知道妳一直都在這裡……」
一切看似已經結束。伙伴們在飛空挺裡面慶祝著。此時，克勞德的背後卻中彈！畫面瞬間凍結……克勞德立刻倒在地上……
亞茲背著洛茲，用他最後的力量對著克勞德說：
亞茲：「我們會與母親在一起的，哥哥！」
亞茲和洛茲也化成綠色的微粒，消失在空中。
看著克勞德倒在地上，蒂法大哭著：
蒂法：「克勞德！！！」
